Proces s Jánošíkom sa začal 16. marca 1713 v Liptovskom Mikuláši. Predsedajúci podžupan Ladislav Okoličáni Prokurátor (žalobca) Alexander Čemický Jánošíkovi bol stolicou určený aj obhajca ex-offo Baltazár Palugyai
Erb Liptovskej Stolice       Jánošík pri výpovedi spomenul väčšinou tých druhov, ktorí už nežili. O samotnom Uhorčíkovi tvrdil, že zahynul pri prestrelke v kremnických vrchoch. Prokurátor Alexander Černický ho počas procesu obvinil, že bol vodcom zbojníkov a zabíjal ľudí. Zdôrazňoval, že bol aj povstalcom a Rákocziho prívržencom. Preto pre zbojníka Juraja Jánošíka navrhol trest smrti. Obhajcom bol Baltazár Pallugyay, ktorý trval na tom, že Jánošík počas svojej činnosti nikoho nezabil. Ako vodca bandy bol najmladší a preto nemohol zodpovedať za činy starších zbojníkov. Obhajoba bola postavená v tvrdení, že členovia Jánošíkovej bandy častokrát konali na vlastnú päsť. Tým chcel obhajca naštrbiť samotný základ súdneho procesu. To sa mu však nepodarilo. Jánošíka po vypočúvaní a mučení nakoniec uznali vinným zo zbojstva, porušenia krajinských zákonov a zlých skutkov. Zavesenie na ľavý bok na hák malo byť trestom a zároveň výstrahou pre ostatných.
Prokurátor:       Jánošíka obvinil, že sa stal vodcom zbojníkov, zbíjal, zranil a zabil, spomenul prípad plebána z Domaniže, pripomenul že je kuruc, teda Rákocziho prívrženec, navrhol v zmysle platných zákonov trest smrti napichnutím na kôl, na hák alebo lámaním v kolese, súčasne žiadal aby ho podrobili mučeniu aby prezradil svojich priaznivcov, druhov a pomocníkov, mučenie malo zároveň potvrdiť vierohodnosť dobrovoľnej výpovede obžalovaného. Obhajca:       Odmietol obžalobu a najmä obvinenie z vraždy, uviedol že Jánošík sa rákocziovských od povstalcov vrátil a vstúpil do cisárskej armády, kde slúžil na Bytčianskom zámku, následne ho vykúpil otec a on sa vrátil k rodičom do Terchovej, až potom ho Uhorčík nahovoril na zboj, časové obdobie keď zbíjal je veľmi krátke a nikoho nezranil ani nezabil, vzhľadom na svoj mladý vek nemohol byť zbojníckym vodcom a nezodpovedal za všetky činy svojich starších spoločníkov, ktorí neraz konali na vlastnú päsť, v prípade plebána z Domaniže Jána Vrtíka uviedol, že v tom čase tam Jánošík ani nebol. Vzhľadom nato, že sa dobrovoľne priznal, nemal by byť ani podrobený mučeniu. Zjavné poľahčujúce okolnosti teda hovorili zato, aby Jánošíkovi bola udelená milosť. Prokurátorovi stačil fakt, že Jánošík ozbíjal niekoľkých feudálnych pánov a bol prívržencom Rákocziho.
Budova stoličného súdu v Liptovskom Mikuláši	Proces bol vzhľadom na pokročilý čas odložený na druhý deň 17. marec 1713.       Hneď na úvod súd rozhodol, že Jánošík bude podrobený mučeniu, vzhľadom na skutočnosť, že obžalovaný neuviedol všetkých svojich podporovateľov a ochrancov a ani to kde ukryl korisť, v jeho dobrovoľnej výpovedi je veľa nejasností, z vlastnej iniciatívy nič nepriznal, na mnohé otázky nebol ochotný vôbec odpovedať
Záznam o útrpnom (počas mučenia) vypočúvaní obsahuje len 7 odpovedí:       Jánošík priznal ozbíjanie zemana Ladislava Zmeškala v Svätojánskej doline a Nemky Schardonky medzi Východnou a Važcom, o svojej skrýši hovoril len nejasne, že sa nachádza ako sa ide z Jablonky na Klenovec k Cisárskym horám, v jednom buku, pri ktorom stojí jedľa s vyťatou rukou a poskytol údaje o troch osobách v Malohonte, ktorým požičal menšie sumy peňazí Svedectvo Martina Mravca alias Uhorčíka (v tom čase súd nepoznal pravú totožnosť Uhorčíka):       Ľudia ktorí pomáhali Jánošíkovi – Sýkora mlynár v Krásne nad Kysucou a jeho synovia Adam a Tomáš, Matúšek z Rakovej, Juraj zo Zákopčia, Pavlík z Veľkého Rovného, Kudliak a Juraj Štedrák z Krásna nad Kysucou, Moravec z Rakovej, Kisíkovci zo Zborova, Kvasňovský z Oščadnice, Martin Oravček z Turzovky